تفيد المادة 78 من نظام موظفي الدوائر الوقفية بأن المجلس الشرعي الاسلامي الاعلى يتخذ خلال الشهر الاول من بدء ولايته، قرارا بتأليف مجلس تأديبي لجميع موظفي الدوائر الوقفية قوامه 5 أعضاء أصيلين، و3 أعضاء ردفاء. ينتخب المجلس التأديبي، من بين أعضائه الأصيلين، فور تأليفه، رئيسا له ومقررا، وله أن يطلب الحاق أحد موظفي الدوائر الوقفية به للقيام بوظيفة أمين سر.
تنتهي مدة ولاية المجلس التأديبي بانتهاء مدة ولاية المجلس الشرعي الاسلامي الاعلى، ويحال الموظف على المجلس التأديبي بقرار من مفتي الجمهورية، بناء على إنهاء اللجنة الدائمة باستثناء موظفي المرتبة السادسة الذين يحالون بقرار من اللجنة الدائمة.
وعلى رئيس أو أي عضو من أعضاء المجلس التأديبي أن يتنحى اذا كان يوجد بينه وبين الموظف المحال أي سبب من أسباب الرد المنصوص عنها في قانون تنظيم القضاء الشرعي، ويمكن للمجلس الشرعي الاسلامي الاعلى، أن ينحي أيا من هؤلاء للسبب نفسه عفوا أو بناء لطلب الموظف المحال.
يلتئم المجلس التأديبي في مركز الدائرة الوقفية صاحبة العلاقة إأو في مركز المجلس الشرعي الاسلامي الاعلى. ويحق للموظف المحال، عندما يدعوه المجلس التأديبي لبيان أقواله في ما نسب اليه، أن يطلع على جميع الاوراق المتعلقة بالقضية ويمكنه أن يبدي ملاحظاته الخطية بشأنها ضمن المهلة التي يحددها له المجلس على أن لا تقل عن 3 أيام.
وعلى الموظف المحال أن يحضر الاجتماعات التي يدعوه اليها المجلس التأديبي بالذات مستعينا اذا شاء بمحام أو بموظف من رتبته على الأقل للدفاع عنه أمام المجلس. وفي حال تخلف الموظف المحال عن الحضور أمام المجلس على الرغم من تبلغه الدعوة مرتين، تعتبر المحاكمة بحقه وجاهية.
لا يجوز للمجلس التأديبي أن يتخذ قراره النهائي بالقضية المحالة عليه الا بحضور جميع أعضائه. وعلى المجلس المذكور أن يبت بالقضية في مهلة 3 أشهر على الاكثر اعتبارا من تاريخ إحالتها عليه، أو أن يطلب تمديد المهلة من المجلس الشرعي الاسلامي الاعلى اذا كانت القضية على جانب كبير من الخطورة أو استلزمت تحقيقات واسعة. تعتبر قرارات المجلس التأديبي نافذة لمجرد صدورها باستثناء ما يتعلق فيها بعقوبات إنزال المرتبة والصرف من الخدمة أو العزل فتنفذ بقرارات تصدر عن اللجنة الدائمة. لا تقبل قرارات المجلس التأديبي أي طريق من طرق المراجعة الا في حال تجاوز حد السلطة وتقدم المراجعة عندئذ أمام اللجنة الدائمة.
لا يجوز أن يعاد الى الخدمة في أية دائرة من الدوائر الوقفية الموظف المعزول أو المصروف من الخدمة تأديبا. ويحال على القضاء الموظف الذي يتبين أن الأعمال المنسوبة اليه تشكل جرما يعاقب عليه جزائيا.
وللجنة الدائمة أن تقرر، عفوا أو بناء لطلب المديرية العامة أو المجلس التأديبي، وقف الموظف الملاحق قضائيا، بجناية أو جنحة شائنة، عن العمل اذا وجدت أن في استمراره ضررا معنويا يلحق بسمعة الدوائر الوقفية، على أن يصرف فورا اذا جاء الحكم القضائي مثبتا للتهمة.
