من الممكن أن تتعرض بعض الرسائل التي ترسلها عبر ​واتساب​ للاختراق والقراءة من قبل طرف ثالث نتيجة لثغرة في التطبيق. وترجع تلك الثغرة إلى أخطاء في طريقة كتابة الشفرات الخاصة بخدمة الرسائل المرسلة. 

واكتشف خبير الأمن الإليكتروني توماس بويلتر إمكانية التجسس على الرسائل المرسلة عبر واتساب حال إعادة إصدار رموز التشفير. وأخطر بويلتر شركة فيسبوك، مالكة التطبيق، بهذا العيب في إبريل 2016، لكن ردها أشار إلى أنها لا تعمل على سد الثغرة في تطبيق الرسائل في الوقت الحالي، وهو ما كان متوقعا من الشركة. 

وقال مناصرون لقضايا الخصوصية لصحيفة الغارديان البريطانية إن هذه الثغرة تمثل "تهديدا خطيرا" لحرية التعبير لإمكانية استخدامها من قبل الحكومات ومؤسسات إنفاذ القانون للتجسس على المستخدمين الذين يعتقدون أنهم يتواصلون في أمان بعيدا عن الاختراقات.